2002-ci ildə isə İnformasiya Texnologiyaları İnstitutuna çevrildi). Kibernetika institutu "Respublika Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sistemi”nin yaradılması (1977-1981) üzrə baş təşkilat təyin olunmuşdu. 1978-ci ilin yanvarında institutda işlənən cihaz və qurğuların təcrübi nümünələrinin yaradılması və tətbiqi üçün "Kibernetika” XKB təşkil edilmişdir. Təsərrüfat hesablı Büro indi də böyük uğurla fəaliyyət göstərir. 2014-cü ildə AR Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə Kibernetika İnstitutun adı "İdarəetmə Sistemləri İnstitutu" olaraq dəyişdirilmişdir. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2022-ci il 28 iyul tarixli Fərmanı ilə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının İdarəetmə Sistemləri İnstitutu AR Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyinə verilmişdir.

Azərbaycan Texniki Universiteti (AzTU) ilə İdarəetmə Sistemləri İnstitutu və İnformasiya Texnologiyaları İnstitutu arasında elmi-tədqiqat üzrə birgə fəaliyyətin həyata keçirilməsinə dair əməkdaşlıq haqqında Anlaşma Memorandumu imzalanıb. Memorandum tərəflər arasında müvafiq istiqamətlər üzrə münasibətlərin qurulması və inkişaf etdirilməsi, elmi- tədqiqat üzrə birgə fəaliyyətin həyata keçirilməsi, təkmilləşdirilməsi və qarşılıqlı maraq doğuran digər istiqamətlərdə əməkdaşlıq çərçivəsinin müəyyənləşdirilməsi məqsədini daşıyır. İmzalanma mərasimində çıxış edən Elm və Ali Təhsil üzrə Dövlət Agentliyinin direktoru, texnika elmləri doktoru, professor Ülkər Səttarova müvafiq sənədin Prezident İlham Əliyevin “Azərbaycan Respublikasında elm və təhsil sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı bəzi tədbirlər haqqında” 28 iyul 2022-ci il tarixli Fərmanından irəli gələn vəzifələrin icrası ilə bağlı həyata keçirilən ardıcıl tədbirlər çərçivəsində imzalandığını bildirib. Professor Ülkər Səttarova Memorandum çərçivəsində həyata keçiriləcək tədbirlərin elmin və təhsilin inteqrasiyasına, mövcud elmi potensialın qorunub saxlanılmasına və inkişaf etdirilməsinə, həmçinin ali təhsil müəssisələrində təhsilin məzmununu zənginləşdirməklə yüksəkixtisaslı kadrların hazırlanmasına böyük töhfə verəcəyini söyləyib. Agentliyin elmi- tədqiqat institutları və ali təhsil müəssisələri arasında əməkdaşlığın gücləndirilməsi, elmin maliyyələşdirilməsində yeni mexanizmlərin formalaşdırılması ilə bağlı lazımi dəstəyi göstərməyə hazır olduğunu vurğulayıb. İdarəetmə Sistemləri İnstitutunun baş direktoru, akademik Əli Abbasov bildirib ki, Memorandum AzTU-nun və elmi-tədqiqat institutlarının əməkdaşları arasında qarşılıqlı təcrübə və fikir mübadiləsinin aparılması, onların birgə fəaliyyətinin həyata keçirilməsi üçün əlverişli mühitin formalaşdırılması, eləcə də elmi tədqiqatların nəticələrinin praktikaya tətbiqi baxımından böyük əhəmiyyətə malikdir. AzTU-nun rektoru, iqtisad elmləri doktoru, professor Vilayət Vəliyev Memorandum çərçivəsində həyata keçiriləcək tədbirləri elmi-tədqiqat üzrə birgə fəaliyyətin həyata keçirilməsi ilə yanaşı, tədrisin keyfiyyətinin yaxşılaşdırılması və kadr hazırlığı istiqamətində atılan mühüm addım kimi yüksək qiymətləndirib. Elm və Təhsil Nazirliyi yanında Elm və Ali Təhsil üzrə Dövlət Agentliyinin direktor müavini, AMEA-nın müxbir üzvü, texnika elmləri doktoru, professor Əminağa Sadıqov Memorandumun elmi-tədqiqat institutlarının elmi potensialının qorunması və inkişaf etdirilməsi, onların ali təhsil müəssisələri ilə əlaqələrinin qurulması və vahid hədəfə yönəldilərək ölkədə elm və təhsilin daha da inkişaf etdirilməsi baxımından əhəmiyyətini vurğulayıb. AMEA-nın vitse-prezidenti, İnformasiya Texnologiyaları İnstitutunun baş direktoru, akademik Rasim Əliquliyev bildirib ki, elmin potensialından səmərəli istifadə edilməsi, Azərbaycan elminin dünya elminə inteqrasiyasının sürətləndirilməsi, eləcə də elm və təhsilin birgə idarə olunması dövlət siyasətinin tərkib hissəsidir. AMEA-nın vitse-prezidenti dövlət başçısı İlham Əliyevin Azərbaycan Respublikasında elm və təhsil sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı imzaladığı müvafiq Fərmandan irəli gələn vəzifələrin icrası istiqamətində ölkənin elmi qurumları və ali təhsil müəssisələri arasında sıx əməkdaşlıq münasibətlərinin təşkilinin zəruriliyini vurğulayıb. Elmin əsas missiyasının əldə olunmuş qabaqcıl biliklərin paylanması, təhsilə ötürülməsi, eyni zamanda müasir dövrün tələblərinə cavab verən intellektual insan resurslarının yetişdirilməsindən ibarət olduğunu diqqətə çatdırıb. Akademik AzTU ilə imzalanan Anlaşma Memorandumunun əhəmiyyətini önə çəkərək bildirib ki, əsas məqsəd iki qurum arasında əməkdaşlığı yeni mexanizmlər əsasında qurmaq, inkişaf etdirmək, kadr və təcrübə mübadiləsi aparmaq, o cümlədən birgə layihələrdə iştirak etməklə elmin inkişafına və maliyyələşdirilməsinə dəstək verməkdir.