Biotibbi Mühəndislik İnstitutu, beynəlxalq elmi əməkdaşlığa xüsusi önəm verərək, müxtəlif ölkələrin aparıcı universitetləri və tədqiqat mərkəzləri ilə sıx əlaqələr qurur. Bu əməkdaşlıqlar çərçivəsində institut, biotibbi mühəndislik sahəsində qabaqcıl tədqiqatların aparılması, tədris metodologiyalarının təkmilləşdirilməsi və müştərək layihələrin həyata keçirilməsini hədəfləyir.​

2024-cü ilin noyabr ayında tibb elmləri doktoru professor Nuran Abdullayevin institut direktoru təyin olunması ilə beynəlxalq əlaqələr daha da genişlənmişdir. Professor Abdullayevin rəhbərliyi altında institut, Almaniya və digər Avropa ölkələrinin elmi qurumları ilə əməkdaşlıq edərək, data mühəndisliyi və süni intellekt həllərinin yaradılması sahəsində birgə tədqiqatlar aparır. ​

Bundan əlavə, 2024-cü ilin dekabr ayında institutda beynəlxalq elmi əməkdaşlıq və yeniliklərə dair vorkşop keçirilmişdir. Tədbirdə ABŞ-nin Massaçusets Universitetinin tələbəsi Kamran Ağayev müasir elektro mühəndislik sahəsində məruzə etmiş və AzTU tələbələrinin Massaçusets Universiteti ilə birgə elmi fəaliyyət imkanlarından bəhs etmişdir.​

İnstitut həmçinin Türkiyənin nüfuzlu universitetləri ilə əlaqələrini genişləndirir. AzTU-nun rektoru professor Vilayət Vəliyevin başçılıq etdiyi nümayəndə heyətinin 2024-cü ildə Türkiyəyə səfəri çərçivəsində İstanbul Universiteti-Cerrahpaşa, İstanbul Texniki Universiteti və digər ali təhsil müəssisələri ilə əməkdaşlıq müqavilələri imzalanmışdır. Bu müqavilələr çərçivəsində biotibbi mühəndislik və səhiyyə menecmenti sahələrində magistratura səviyyəsində ikili diplom proqramlarının təşkili və tədqiqat institutları arasında birgə araşdırmaların aparılması planlaşdırılır. ​

Biotibbi Mühəndislik İnstitutu beynəlxalq əməkdaşlıqlarını davam etdirərək, elmi potensialını artırmaq və qlobal səviyyədə tanınan tədqiqatlara imza atmaq istiqamətində fəaliyyətini sürdürməkdədir.