Logistika və Nəqliyyat İnstitutunda müvafiq istiqamət üzrə doktorant və magistrantların elmi işləri yerinə yetirilir. Aparılan elmi tədqiqatların nəticələri müntəzəm olaraq müxtəlif elmi jurnallarda, o cümlədən xarici jurnallarda dərc olunur. Uyğun ixtisas sahələri üzrə magistr dissertasiyalarının və doktorluq dissertasiyalarının mövzuları Logistika və Nəqliyyat İnstitutunun yerinə yetirdiyi layihələrə uyğun olaraq müəyyənləşdirilir. 

AzTU-nun müvafiq ixtisas kafedralarının doktorantları Nəqliyyat sistemləri texnologiyası (3327.10); Daşıma proseslərinin idarə olunması (3350.10) istiqamətləri üzrə fəlsəfə doktoru və elmlər doktoru dissertasiyaları hazırlaması istiqamətində Logistika və Nəqliyyat İnstitutunda tədqiqatlar aparırlar. Bu məqsədlə institutda toplanmış göstəricilər və proqram təminatları istifadə olunur.  

İnstituda logistika və nəqliyyat proseslərinin imitasiya modelləşdirilməsi üçün Anylogic 8.7.7 proqramı, şəhər nəqliyyat sisteminin mikro və makromadelləşdirilməsi üçün PTV VİSSİM, VİSTRO, VİSUM proqram paketi istifadə edilir.

AzTU-nun yerüstü nəqliyyat vasitələri mühəndisliyi, nəqliyyatda daşımaların və idarəetmənin təşkili, nəqliyyatda servis ixtisası üzrə təhsil alan magistrantlarının dissertasiya mövzuları institutun yerinə yetirdiyi və istehsalatda yaranan problemlərin həllinə yönəlmiş mövzular əsasında yerinə yetirilir.

Logistika və Nəqliyyat İnstitutunun əsas elmi-tədqiqat istiqamətləri aşağıdakılardır:

-hərəkətin təhlükəsizliyi;

-nəqliyyat axınlarının modelləşdirilməsi;

-multimodal daşımaların təşkilində problemlərin həlli;

- nəqliyyat dəhlizlərində hərəkətin optimal təşkili;

-nəqliyyat əməliyyatlarında innovasiyaların tətbiqi;

-logistika;

-şəhər nəqliyyat sistemləri;

-şəhər logistikası;

-ictimai nəqliyyatın mübadilə problemlərinin həlli;

-şəhər nəqliyyat şəbəkəsinin modelləşdirilməsi;

-şəhər nəqliyyat sisteminin modelləşdirilməsi;

-nəqliyyat axınlarının modelləşdirilməsi;

-nəqliyyatda vaxt itkilərinin tədqiqi;

-şəhələrdə parklanma problemlərinin həlli.